Visse i dolori della guerra, culminati nell’uccisione del padre nell’anno 1944. Il giovane Ennio comincia a manifestare segni di una vocazione al sacerdozio, incoraggiata dai sacerdoti a lui vicini, studia dunque a Roma, al Collegio Capranica, alle università Gregoriana e Lateranense. Viene ordinato sacerdote nel 1957, svolgendo poi compiti pastorali in varie parrocchie romane. Fu anche insegnante di religione in alcuni licei romani e docente di teologia fondamentale ed ecumenismo. Si occupa nel frattempo anche di cause matrimoniali e di canonizzazioni.

Negli anni ‘60 conosce il gesuita Virginio Rotondi, popolare per essere la voce di una seguita rubrica radiofonica (Ascolta, si fa sera) e fondatore del movimento Oasi. Don Ennio divenne assistente spirituale del movimento ed ebbe fra i suoi allievi il comissario Luigi Calabresi (assassinato da un movimento di estrema sinistra e per cui don Ennio voleva introdurre la causa per la canonizzazione) e Giovanni d’Ercole (anche lui molto attivo sui media e oggi vescovo). Anche don Ennio comincerà a collaborare con il programma radiofonico Ascolta, si fa sera, un compito che continuerà per molti anni e le cui riflessioni raccoglierà poi in vari libri. L’apostolato della buona stampa sarà missione di tutta la sua lunga vita, una vita in cui pubblicherà più di 100 volumi, su temi come esegesi, filosofia, teologia, estetica, storia e via dicendo. Confidava che, però, la ricerca per cui voleva essere ricordato era quella sulla gnosi. Così spiegava: “Spesso le persone, a certe mie conferenze, mi chiedono di spiegare cosa sia la gnosi e in quelle sedi spiego, sia come io sia pervenuto alla valutazione del fenomeno, sia come esso si sia sviluppato nella storia. In realtà tutti i cristiani conoscono da se stessi l’essenza della gnosi (presunzione di alta conoscenza) fin dai tempi del primo catechismo. Infatti il primo maestro di gnosi è il diavolo che suggerisce ad Adamo di oltrepassare la linea rossa che Dio aveva segnato; suggerisce cioè ad Adamo di essere come Dio, arbitro lui stesso di ciò che è bene e ciò che è male, dimenticando il suo limite di creatura, dimenticando di non essere lui l’essere originario, d’aver ricevuto l’essere e perciò di non essere affatto il padrone di ciò che l’essere è”. Distingueva una gnosi cattiva (chiamata “spuria”) ed una gnosi buona. A questo tema don Ennio ha dedicato anni e anni di studio e migliaia di pagine.